Po Ustavu Islamske zajednice, Medžlis je organizaciona jedinica sa najmanje sedam džemata. Medžlis IZ-e Zenica je jedan od većih Medžlisa u Bosni i Hercegovini koji broji 75 džemata na svom području.
Zbog veličine i mnogobrojnih aktivnosti, u Medžlisu djeluju tri službe i to: vjersko-prosvjetna služba sa imamima medžlisa na čelu sa glavnim imamom Jakub ef. Salkicom; zatim administrativno-pravna i finansijska služba na čelu sa predsjednikom, gospodinom Muhamedom Begagićem.
Upravljačku strukturu Medžlisa čine: Skupština i Izvršni odbor. Skupštinu Medžlisa sačinjavaju članovi izabrani u svim džematima i to: 2 člana – džemati do 200 članova i 3 člana – džemati preko 200 članova. Izvršni odbor Medžlisa Zenica ima 15 članova, od čega je 14 izabrano na izborima u decembru 2019. godine na mandatni period od 4 godine, dok je glavni imam član Izvršnog odbora po položaju.
Na imamsko-hatibskim i muallimskim poslovima, profesionalno i honorarno je angažirano 76 vjerskih službenika i jedna muallima. Kvalifikaciona struktura imamskog kadra se, iz godine u godinu, popravlja tako da od 75 angažiranih vjerskih službenika imamo jednog doktora islamskih nauka, 6 magistara islamskih nauka, 22 ima visoku stručnu spremu, 2 višu, a 45 srednju stručnu spremu.
Sabor IZ-e u BiH 2004. god. usvojio je Pravilnik o finansijskom poslovanju i organizaciji i načinu vođenja knjigovodstva. Na osnovu člana 28. navedenog Pravilnika, od 01. 01. 2007. god., članarina Islamske zajednice na području našeg Medžlisa je jedinstvena u svim džematima i iznosi 84 KM za zaposlene (7 KM mjesečno) te 60 KM za nezaposlene – penzionere (6 KM mjesečno).
Članarina IZ-e, članu omogućava pristup obredima i institucionalno predstavljanje naše uzvišene vjere i po prvi put je Ustavom određeno da je članarina IZ-e preduvjet za ostvarivanje određenih prava, kao što su aktivno i pasivno biračko pravo, pravo da bude pravovremeno obavještavan o radu organa i ustanova Islamske zajednice itd.
Glavni imam Medžlisa Islamske zajednice Zenica je mr. Jakub ef. Salkica.
